日本也有媽祖信仰，沖繩與長崎有不少天妃祠，且由於唐商多，保留了很多唐風。但其他地方的媽祖信仰就本土化很深，主要在鹿兒島、水戶、仙台和青森等地，媽祖與原本在地神祇結合，甚至本土化成為神道教神祇（天妃媽祖大權現）。海濱民眾會信仰，經營航海業的領主藩主也會出資支持。像薩摩加世田領主島津忠良（義久義弘的阿公）本人就信仰媽祖。薩摩當地祭祀媽祖的地點原名笠沙山，16世紀當地祭祀媽祖後改稱野間山。媽祖別稱「娘媽Niû-má」與「野間Noma」音近似。
根據吳偉明的整理，薩摩藩官方編的《三國名勝圖繪》(1843)提到：「此嶽往古名笠沙嶽。山上祀娘媽 神女後號野間嶽。娘媽、野間，其音相近之故也。」薩摩當地也有媽祖度來的獨有傳說，例如媽祖以松尾大明神之姿現身，成為舟船的守護神之類的。「媽祖Má-chó͘」與「松尾Matsuo」音近似。水戶的天妃信仰，是源於第二代藩主德川光圀大力經營航海貿易。最初也是採取唐風祭祀法，但因為當地祭拜者都是日本人，逐漸改為採用日式神社的祭祀法。之後連帶將信仰傳到與水戶有商業關係的仙台藩。
大間町在17世紀末就已經有媽祖祠堂，也與水戶天妃信仰有關聯。1873年後與大間稻荷神社和祭。這座廟宇北港朝天宮是姐妹神社，因此也是與台灣有點淵源。至於橫濱媽祖廟其實是很現代的產物，與日本本土化或神道教也沒什麼關聯，看到有人說日本媽祖信仰還是很中華風，應該就是指這裡，因為的確就是日本和中國信徒合作興建的。這部分就與本篇主旨無關，我就不多做討論了。
媽祖在台灣也被稱為本土信仰，但還不夠在地。本土宗教神職人員（如果有這種職務）若有足夠的造法能力，建立起一套台灣國家神道本土敘事，也許有機會將其整合並加深本土化。其實不只媽祖，整個台灣「本土」宗教界都要這樣做，渡來神祇要本土化，原生本土神祇要進一步褪去被加諸的渡來外殼。
原文出處 戰國福摩薩